肉鸡肠毒综合征是鸡群普遍存在的一种以腹泻、粪便中含有未消化的饲料、采食量明显降低、生长缓慢或体重减轻、脱水和饲料报酬下降为特征的疾病。该症往往被肉鸡饲养户错误的认为是一般的消化不良，或单一的小肠球虫感染。资料表明它是由多种病因导致的一种综合征。

1、  血糖低

由于肉鸡生长速度过快，对血糖要求过高，或在激源作用下，动物交感神经兴奋，肾上腺髓质的分泌功能增强，引起心率加快，心搏增强，血管收缩，血流加快，血糖升高等生理变化。肾上腺髓质分泌的肾上腺素，参与物质代谢的调节，如加速糖原分解，抑制糖原的合成，使血糖升高，加速脂肪的氧化降解，以保证机体应激状态的能量需要。早期高血糖导致的胰岛素分泌增加，后血糖下降。而食物中的碳水化合物如淀粉分解成葡萄糖庶迟于胰岛素的分泌，从而导致了低血糖。因此常见于发育良好的鸡群。而且采用暗光通过影响体内激素代谢也能减缓该病的发生，算是对本推断的一个例证。

2、  小肠球虫和厌氧菌混合感染

小肠球虫在肠黏膜上大量生长繁殖，导致肠黏膜增厚，严重脱落及出血等病变，使饲料不能完全消化吸收，同时，对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象。这是引起肉鸡粪便变稀，粪中带有未消化饲料的原因之一。小肠球虫在粘膜细胞内快速生殖引发，肠道黏膜受损。因球虫的大量增殖需要消耗宿主细胞的大量氧，导致小肠黏膜组织产生大量乳酸，使得肉鸡肠腔内pH值严重降低，由于肠道Ph的改变，有益菌减少，有害菌大量繁殖，继发感染细菌、病毒等，导致消化功能障碍，肠道微生物平衡破坏，继而引起厌氧菌感染，进一步恶化消化道内环境，引起混合感染，使病症加剧，造成大批死亡。肠道内容物 pH值的下降，会使各种消化酶的消化能力下降，饲料消化不良。另外，pH值的下降，会刺激肠道黏膜，使肠的蠕动加快加强。消化液排出增多，消化时间减少，导致饲料消化不良。由于肠道的蠕动加快加强，胆囊分泌的胆汁迅速从肠道排出，与未消化的饲料混合在一起，形成该病的特征性粪便—略带浅黄色的粪便。

3、  病毒

说法不一，分离到病毒可能是多样的。主要说法为冠状病毒、沙粒样病毒等为主导。

4、  饲料中维生素、能量和蛋白质的影响。

在调查中发现，饲料营养越丰富，发病率越高，症状也越严重，品质较低的饲料相对发病率较低。这是因为，在球虫与细菌的混合感染中，大量的能量，蛋白质和部分维生素促进二者大量繁殖，加重症状。

5、  电解质大量丢失

在该病发生的过程中，球虫的细菌大量快速生长繁殖，导致消化不良，肠道吸收障碍，电解质的吸收减少。同时，由于大量的肠黏膜细胞迅速破坏，使电解质大量丢失，出现生理生化障碍，特别是钾离子的大量丢失，会导致红心脏的兴奋过度增强，是肉鸡猝死症的发病率明显增加的原因之一。

6、  自体中毒

在发病的过程中，大量的肠上皮细胞破裂脱落，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及虫体死亡、崩解等产生大量有毒物质，被机体吸收后发生自体中毒。从而在临床上出现先兴奋不安，后瘫软昏迷衰竭死亡的情况。